El COBAT 12 Llera comenzó sus actividades el 14 de agosto de 1991, durante la gestión del C. José Luis Tovar Castillo como Presidente Municipal y bajo la Dirección General del Subsistema, a cargo en ese momento del Profr. Gustavo Adolfo García Paz. En 1994, se concluyó la construcción de aulas, seguida por la incorporación de un taller de electricidad y un laboratorio de idiomas, con el Ing. José Gabriel Rodríguez González desempeñándose como Director en ese periodo.
Posteriormente, en 2002, se llevó a cabo la inauguración de las oficinas administrativas y áreas anexas al plantel. En el año 2003, mediante el Programa de Modernización Educativa, se construyó el Aula de Medios bajo la dirección de la Lic. Mirelda Longoria Rodríguez. En el lapso de 2004 a 2011, bajo la dirección del Ing. José Gabriel Rodríguez González y con la supervisión de la Dirección General a cargo del Lic. Isaac Mata Vizcaíno, se modernizó el centro de cómputo mediante la adquisición de 10 computadoras nuevas.
En 2012, gracias a las gestiones del Director, el Profr. Juan Linares Reyes y la aprobación del Gobernador del Estado, Ing. Egidio Torre Cantú, se llevó a cabo la construcción de una techumbre en la explanada del plantel. En 2016, durante la presidencia municipal del Ing. José Pablo Valadez Hernández, se edificó un comedor destinado para alumnos, personal docente y administrativo. En 2019, a través del programa PAGES, se instaló un aire acondicionado en las aulas, mejorando así las condiciones en las que nuestros estudiantes reciben su educación.
Finalmente, en 2023, bajo la dirección del Ing. Tomás Ulises Moreno Andrade, los padres de familia realizaron la donación de 4 computadoras nuevas y se implementó el servicio de transporte escolar Zaragoza-Llera.
